يقع المركز على مساحة 146 ألف متر مربع، منها 80 ألف متر مربع بتخصيص من محافظة أسوان، والباقى من أملاك وزارة الرى، وتم تخصيص 129 ألف متر مربع للعرض المتحفى.
كما يضم المركزمبنى رئيسى به قاعات عرض وقاعة مؤتمرات ومكتبة وقاعة كبار زوار ومكاتب إدارية، إضافة إلى موقع عام يشمل منطقة مجرى العيون ومسطحات خضراء والمسرح الرومانى المكشوف والملعب الخماسى ومبنى الأنشطة الرياضية ومساحات أخرى شاسعة.
ويقع المبنى الرئيسى على مسطح 2060 م ويضم جناح ادارى ومكتبه أرشيفيه وقاعات عرض ومؤتمرات وقاعة كبار زوار، إضافة إلى موقع عام يشمل منطقة مجرى العيون ومسطحات خضراء وكافتيريا ومبانى الخدمات والأنشطة.
ويتكون مبنى المركز من 3 طوابق، ويضم مئات الصور والمعروضات التى تحكى عن الدول الافريقية وتاريخ النيل والمشروعات المصرية التى أقيمت عليه.
يحتوى المركز على عدد من المقتنيات التى تسجل رحلة جريان نهر النيل بداية من منابعه وحتى المصب بالبحر الأبيض المتوسط، كما أهدت وزارة الثقافة المتحف 61 لوحة فنية هامة توضح أبرز ما تناوله كبار الفنانين المصريين لرحلة نهر النيل فى مصر.
وداخل المتحف يوجد أيضًا جزء كبير مخصص لعرض تاريخ السد العالى وتوثيق إنشاءه، بالإضافة إلى تخليد الشهداء الذين سقطوا خلال بناء السد العالى.
ويتضمن المركز عرضاً لأهم المشروعات القومية لوزارة الرى، والتى ساهمت فيها بدءًا من القناطر الخيرية فى عهد محمد على باشا، مروراً بترعة السلام ومشروع توشكى، ونهاية بمشروع المليون ونصف فدان الذى أطلقه فخامة الرئيس عبد الفتاح السيسى، كما يعرض أعمال الوزارة فيما يخص مكافحة السيول، وما تم إنجازه من سحارة سرابيوم
ويضم أيضاً أهم الوثائق التاريخية، ومنها وثيقة حماية نهر النيل، التى وقع عليها سيادة رئيس الجمهورية ورئيس مجلس الوزراء.
ويتكون الطابق العلوى من المركز من قاعات تتحدث عن الدول الافريقية بأكملها مقسمة الى دول شمال وجنوب وشرق وغرب ووسط أفريقيا ، حيث يحتوى على مقتنيات من مختلف الدول الافريقية وبها معلومات تفصيلية ومصورة عن دول أفريقيا والحياة فيها.
